Warszawa była niszczona podczas Drugiej Wojny Światowej czterokrotnie: we wrześniu 1939 roku, po upadku Powstania w getcie, w trakcie Powstania Warszawskiego i po kapitulacji Powstania, po wypędzeniu ludności z miasta. W zbiorach Muzeum przeważa dokumentacja zniszczeń z czasu Powstania i powojenna, ale znaleźć tu można też fotografie gruzów getta i ruin z roku 1939.
